Bei GeneratePress, wie auch bei vielen anderen WordPress Themes, kannst du für die mobile Ansicht deiner Website ein anderes Logo einsetzen und definieren, als für die Desktop-Version. Damit das der Fall ist, musst du das Logo für die mobile Ansicht hinterlegen. Du findest diese Einstellung unter Customizer > Layout > Header
Scrolle in den Einstellungen etwas nach unten, damit du den Bereich einsehen und konfigurieren kannst: